המחלקה לאנדודונטולוגיה ממונה על הוראת האנדודונטיה בבית הספר. המחלקה הוקמה בשנת 1975 כשבראשה עמד פרופ' מיכאל תג'ר ועסקה בהוראה לסטודנטים בלבד. במשך השנים המחלקה התרחבה, ובשנת 1980 נפתחה תכנית ההתמחות.

תחום האנדודונטיה עוסק בבעיות הקשורות בהיסטולוגיה, פיזיולוגיה, מיקרוביולוגיה, פתולוגיה ואטיולוגיה של נגעי מוך השן וסב החוד, באבחונם ובטיפולם.

במחלקה מבוצעים מגוון טיפולים על-ידי סטודנטים ומתמחים. הטיפולים הניתנים על-ידי הסטודנטים  מבוצעים תחת פיקוח של מורים המומחים בתחום האנדודונטיה. המקרים המורכבים מבוצעים על-ידי מתמחים במסגרת תכנית ההתמחות.

שרותים קליניים הניתנים המחלקה:

1.       אבחנה ויעוץ בנושא מחלות המוך וסב השורש

2.       טיפול בשיניים קבועות צעירות(לשמירת חיות המוך)

3.       טיפולי שורש בשיניים קבועות

4.       טיפולי שורש חוזרים

5.       כירורגיה אנדודונטלית

6.       הבהרת שיניים לא ויטליות

7.       טיפולי שורש בשיניים לאחר חבלה

ראשי מחלקה בעבר:

1975-2000: פרופ' מיכאל תג'ר

2000-2008: פרופ' אביעד טמשה

2008-2012: פרופ' צבי מצגר